新旧で共通のカスタム投稿タイプが存在しない場合、テーマ変更時に表示されなくなることもあります。該当箇所のデータが削除されるわけではありませんので、元のテーマに戻すとその部分は再度表示されます。もしくは、カスタム投稿タイプを引き継ぐ方法を実行してください。