テーマの仕様による問題ではないケースが多いです。実行タイミングや環境により結果が異なる場合があります。特に、クロール時にCSSの読み込みがうまくいかないと、一時的にエラーと判定されることがあります。
解説記事： モバイルフレンドリーの条件とチェック